Agregando BOM a un XML

hola buenas tardes bueno estoy agregando lo que es el Byte Order Marker a mis facturas en xml y para eso agrego 3 bytes al inicio del archivo pero no me los agrega me los substituye los 3 primeros bytes del xml como podria hacer para que se agregen

 

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sobreescribir todo

Necesitas sobreescribir todo. Una opción es que hagas un nuevo archivo (no necesitas RandomAccessFile, solamente un FileOutputStream), escribas ahí los 3 bytes que necesitas, luego copies (con un FileInputStream) el resto del archivo original al nuevo, cierres ambos, borres el viejo, y muevas el nuevo a donde estaba el viejo...