Voy al codigo directamente y al final del codigo explico el problema:
//---------------------------------------Inicio del Codigo----------------------------------------------------------------------
String Textocontenido="";//con sus metodo getters y setters
BufferedReader br;
String contenidoArchivoTexto = null;
StringBuilder sB = new StringBuilder();

public String darContenido(String rutaArchivo, String codigoArchivo) throws IOException, Throwable {
if (codigoArchivo == null) {
br = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(rutaArchivo), "UTF-8"));
} else {
br = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(rutaArchivo), codigoArchivo));
}
try {
while ((contenidoArchivoTexto = br.readLine()) != null) {
sB.append(contenidoArchivoTexto);

sB.append(System.getProperty("contenidoArchivoTexto.separator"));

}
setTextocontenido(sB.toString());
/*
*Limpio el StringBuilder para mejor rendimiento
*/
for (int i = 0; i < sB.length(); i++) {

sB.delete(0, sB.length());
}

} catch (IOException e) {
JOptionPane.showMessageDialog(null, "Ha ocurrido un error en la lectura del archivo", "Mensaje", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
} finally {
br.close();

}

return getTextocontenido();

}
//----------------------------------------Fin del Codigo---------------------------------------------------------------------

Para el codigo anterior especificamente en el bucle "while" esta el salto de linea con el metodo "append" de StringBuilder. Ahora Bien, este salto de linea funciona perfectamente si uso un jTextArea para visualizar el archivo de texto que estoy abriendo, pero si uso un jTextPane el salto de linea es inestable y antes de terminar de imprimir en el jTextPane la linea completa, da algunos saltos de linea inesperados.

por ejemplo; pongo la siguiente linea como ejemplo donde el indicador de salto de linea es la expresion

"-->"

****Aqui comienza la linea a mostrar********
20/6/2014 16:15:11.014 82cqxLNxtWZd2MqsT72yusk Thread Liberador Conexiones MQ No se cumple el número mínimo de conexiones que es : 10 y actualmente hay: 1 ##Servicio: atae.comu.mq.liberacionconexiones.AtaeSvIniciadorLiberacionConexiones ##Metodo -->atae.comu.mq.liberacionconexiones.AtaeSvIniciadorLiberacionConexiones.actualizarPoolConexiones ******fin de la linea a mostrar********

Diferencias entre jTextArea y jTextPane tomando en cuenta el salto de linea del metodo sB.append(System.getProperty("contenidoArchivoTexto.separator")); :
a.- En un jTextPane hace un salto de linea donde aparece

"-->"

b.- En un jTextArea imprime la linea completa, o sea, hace el salto de linea perfectamente que es al final de la linea:

............actualizarPoolConexiones

Ahora Bien las preguntas del Millon de Dolares

1.-Existe alguna solucion a este problema especificamente para un jTextPane?
2.-hay un metodo del jTextPane donde indicarle que haga el salto de linea perfectamente como lo hace el jTextArea, considerando que el caso como lo explique anteriormente, funciona aun si no se le indica al jTextArea que imprima la linea completa con la siguiente instruccion:

jTextArea.setLineWrap(false);?