Problemas con Thread

Hello, por favor alguien ayúdeme con este problemita:
Estoy haciendo una pequeña aplicación, "juego" puzzle,

*Consiste en un cuadro con números en botones del 1 al 23.
* hice un método de desorganizar los botones para que el usuario o jugador comience a ordenar los números (que de so se trata el juego).

* Hasta ahí todo bien, ahora se me ocurre agregar un cronometro, la única vía que conozco es con los Threads , para llevar el tiempo que el jugador tardara en ordenar el rompecabeza.

Cuando corro el thread con un while infinito para calcular el tiempo transcurrido de la partida hasta que sea organizado con la intervención del usuario viene problema:

Los botones retornan solitos a la poción original con cada segundo o vuelta del while (true)

ufff no comprendo porque!! Y es el motivo de la misiva.

BOTON NUEVA PARTIDA

Chrom hilo1=new Chrom();
hilo1.start();

MasterClass Positions = new MasterClass();
Positions.Randoming();

------------------

public class Chrom extends Thread {

public Thread corre;
int minutos = 0, segundos = 0, horas = 0;

public void run() {

while (true) {
try {
corre.sleep(1000);
if (segundos == 59) {
segundos = 0;
minutos++;
}
if (minutos == 59) {
minutos = 0;
horas++;
}
segundos++;
NewJFrame.jLtime.setText(horas + ":" + minutos + ":" + segundos);
} catch (InterruptedException ex) {
Logger.getLogger(Chrom.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
}
}

}
}

-----------para que vean algo de codigo aqui algo----------------------
/*
* To change this template, choose Tools | Templates
* and open the template in the editor.
*/
package puzzlert;

import javax.swing.JButton;
import javax.swing.JOptionPane;

/**
*
* @author rtaveras
*/
public class MasterClass {
/*el boton sin numero es el home con nombre jbbingo*/

int xclickedButton, yclickedButton, xhome, yhome;
int ValorPosicion = 0;
public void PosicionIndividual(JButton boton, JButton home) {
//mueve el boton clickliado
xclickedButton = boton.getLocation().x;
yclickedButton = boton.getLocation().y;
xhome = home.getLocation().x;
yhome = home.getLocation().y;
//calculos para posicionar los botones dependiendo si es valida la posicion.
int r1 = xclickedButton - home.getLocation().x;
int r2 = yclickedButton - home.getLocation().y;

int r3 = r1 + r2;

if (Math.abs(r3) == 40 || Math.abs(r3) == 75) {
//intercharnge position
//solo si es pertinente segun la distancia entre ellos
home.setLocation(xclickedButton, yclickedButton);
boton.setLocation(xhome, yhome);
} else {
JOptionPane.showMessageDialog(null, "Invalid move. Movimiento no Permitido" /*+ r1 + "--" + r2*/);
}
}

public void Randoming() {
for (int i = 1; i <= 23; i++) {
/*genero un boton a mover al azar entre los 23 y el vacio.
val es el resultado de el sorteo, si es cero "0" entonces envio al metodo interchange el nombre del boton
a mover y el jtbhome que seria el hueco
*/

int val = (int) Math.round(Math.random() * 23 + 0);

switch (val) {
case 0:
Interchange(NewJFrame.jButton1, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 1:
Interchange(NewJFrame.jButton2, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 2:
Interchange(NewJFrame.jButton3, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 3:
Interchange(NewJFrame.jButton4, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 4:
Interchange(NewJFrame.jButton5, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 5:
Interchange(NewJFrame.jButton6, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 6:
Interchange(NewJFrame.jButton7, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 7:
Interchange(NewJFrame.jButton8, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 8:
Interchange(NewJFrame.jButton9, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 9:
Interchange(NewJFrame.jButton10, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 10:
Interchange(NewJFrame.jButton11, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 11:
Interchange(NewJFrame.jButton12, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 12:
Interchange(NewJFrame.jButton13, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 13:
Interchange(NewJFrame.jButton14, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 14:
Interchange(NewJFrame.jButton15, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 15:
Interchange(NewJFrame.jButton16, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 16:
Interchange(NewJFrame.jButton17, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 17:
Interchange(NewJFrame.jButton18, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 18:
Interchange(NewJFrame.jButton19, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 19:
Interchange(NewJFrame.jButton20, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 20:
Interchange(NewJFrame.jButton21, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 21:
Interchange(NewJFrame.jButton22, NewJFrame.JtBhome);
break;
case 23:
Interchange(NewJFrame.jButton24, NewJFrame.JtBhome);
break;
}

}
}

public void Interchange(JButton boton, JButton home) {

xclickedButton = boton.getLocation().x;
yclickedButton = boton.getLocation().y;
xhome = home.getLocation().x;
yhome = home.getLocation().y;
home.setLocation(xclickedButton, yclickedButton);
boton.setLocation(xhome, yhome);
}

uso Netbeans.

gracias.