Practica de Log en ambientes multi hilo

Hola a todos. Tengo un problema particular y espero que puedan darme sus opiniones.

Escenario: Una aplicación swing, con bastantes frameworks internos. Existen muchos hilos que no ve la última capa que es a la que acceso. El problema de configurar un log4j general es que con la salida hay muchos keep-alives y excepciones de terceros se volvería muy complejo leer el log. Actualmente solo algunas clases tienen log4j otras lo toman de la primera que lo instancia por lo que la salida puede decir que está corriendo una clase cuando en realidad es otra. E incluso hay otras que tratan de hacer un apender cada vez que se llama al log.

Como podría parametrizar Log4j para usarlo en varias clases al mismo tiempo sin activarlo para todos los Frameworks, es posible?
Gracias por las aportaciones.