duda JPanel,JLayeredPane, JFrame

que tal anadaba haciendo una pruebas, y hay algo que me desconcierta..
me pasaron un proyecto echo en Netbeans.. que calcula unas cuantas cosas de tendencia central el chiste es que iba a corregir algunos calculos, pero revisando el codigo vi algo que me parecio extraño...

hay va..

el caso es que.. el programa tiene una ventana principal por asi decirlo..
luego dentro de la ventana principal que es un JFrame, hay un JLayeredPane ese lo colocaron con en NetBeans que se llama Contenedor

bueno la cuestion es que tiene un menu que dice M Tendencia Central le da uno clic y aparecen las etiquetas los botones las cajas de texto etc..
y en el codigo del clic de ese menu crean un objeto t de Tendencia_Central que es un JPanel echo con NetBeans..

bueno la cuestion es que crean el objeto y lo agregan al Contenedor Contenedor.add(t);
y aparece... pero viendo como dije es Contenedor es una JLayeredPane..
y como estaba echo en con el gestor de Netbeans se me hizo facil cambiar el Contenedor en lugar de que fuera JLayeredPane un JPanel..
pero ahi es donde me llevo la sorpres.. ahora al hacer clic en el menu y crear el objeto y agregarlo ya no aparece el objeto t..

ni tampoco si lo quiero insertar directamente..al JFrame principal..

a que se debe eso? la verdad me resulta curioso y no entiendo por que no se puede agregar un JPanel con varios JPanel,s
dentro de otro JPanel pero si en un JLayeredPanel.

aqui esta el proyecto

traten de hacer el cambio como les dije en netbeans y veran que no sale..
el cambio no lo hice con codigo simplemente borre el JLayeredPanel que se llama Contenedor y cree un JPanel con el mismo nombre y el codigo corre igual no marca errores ni nada pero como dije no se agrega el otro JPanel..