base de datos orientadas a objetos

Las mismas que en Eclipse o en IDEA o en línea de comando.

Por qué siempre preguntan "cómo se hace X en netbeans"? como si fuera algo distinto al resto de las herramientas de desarrollo para Java.

@ezamudio: Porque nada más usan NetBeans</sarcasmo>

Por otro lado ..@BYKKAISER, quieres hacer una base de datos orientada a objetos? o necesitas una biblioteca para comunicarte con una ya existente?

Es a causa de su desconocimiento sobre el propio lenguaje y sobre las herramientas. Lo que me da un punto de donde sacar esta conclusión:
Las bases de sus conocimientos son pobres, y por lo tanto la interrogante de "como hacer x en y" siempre sale a relucir en este tipo de practicantes de la programación...muy sabelotodo yo... >.<
Jaja la verdad es que lo se porque yo también el cometido esa aberración alguna vez...

Depende a que te refieras con ello. Si te refieres a usar un ORM y hacer algo como:
 
Pues tienes a la mano TODO lo que ofrece el mundo Java, el cual no está limitado
a un IDE como Netbeans, puedes encontrar diversas herramientas como te han
mencionado en otros comentarios. En el caso particular de ORM pues para mí hay
2 opciones a tomar en cuenta Hibernate o alguna implementación JPA. Particularmente
cuando utilizo un ORM prefiero hacerlo con JPA, concretamente con EBean. Pero con
Hibernate también cuentas con soporte JPA y tienes más de donde tirar, cuestión de gustos.

Si te refieres a que quieres usar algo bases de datos del estilo NoSQL en base a Orientación a
Objetos, creo que cada base de datos tiene su documentación para cubrir dichas necesidades.
Tendrías que se más específico para este caso, ya que mucha gente piensa que cualquier base
de datos por ser NoSQL ya es orientada a objetos, y en verdad, espero no tengas esa idea.

Pero en general, tendrías que decir que buscas, y sería como te dicen en otros comentarios
que las librerías son las mismas, mientras estés usando la JVM no importa si usas Eclipse
o IntelliJ IDEA o Netbeans, el lenguaje de programación y la máquina virtual sigue siendo el mismo.

quiero crear una bdoo nueva

Es probable que no estés realmente buscando una base de datos orientada a objetos, sino que más bien te quieres conectar a una base de datos existente como MySQL o MS-SQLServer.

Suponiendo que es estos último lo que necesitas es usar JDBC.

Acá encontré este link:

Revisa a ver si es lo que necesitas.

Saludos.