Autenticacion con JAVA

En una prueba que estuve realizando hace poco, me vino a la mente una idea, no se que tan seguro sea, pero quisiera compartilar y aprender un poco mas, propongo el siguiente escenario.
Tengo una aplicación corriendo en mi equipo la cual se ejecuta como un “proceso” hilo que esta chequeando la fecha de modificacion de un archivo que se encuentra en un servidor Linux Centos 5,5, al momento que el archivo se modifica por X usuario la aplicación carga un Frame y realiza un procesamiento del archivo, el archivo es modificado mediante una aplicación especial y ese archivo contiene informacion de facturas, el archivo esta compartido y todos lo usuarios tienen acceso al archivo que se puede ver abriendolo con bloc de notas, hasta alli todo bien, pero mi curiosidad llega cuando deseo hacerlo de manera segura y hacer que este archivo no pueda accesarce tan facilmente, sino que el usuario que desee acceso al archivo se deba loguear y asi visualizar el archivo, entonces, alli entra la aplicación, puesto que deseo que el usuario no tenga que introducir usuario y contraseña sino que se configure en la aplicación el usuario y contraseña con permisos para visualizar el archivo y que la aplicación lance por debajo el usuario y contraseña.
El fin es que los usuario no puedan acceder al archivo tan facilmente debido a que este archivo contiene informacion legalmente importante “facturas”.