¿Cómo puedo guardar datos de mi aplicación de forma permanente, pero que sea ilegible?

El problema es el siguiente, cuando realizo una aplicación generalmente guardo los datos en un archivo de propiedades o properties. El problema es que cuando la persona lo abre, se pueden ver todos los datos en forma ordenada, entonces no puedo guardar información importante de forma permanente, ahora voy hacer una aplicación con base de datos y obviamente necesita datos de conexión, entonces quiero cargar dicha información que el usuario va a otorgar la primera vez y debe quedar guardada en el sistema para que no tenga que volver a repetirla, llegando al punto final, la pregunta es la siguiente. ¿Qué debo hacer para poder guardar información permanentemente en el sistema, pero que no pueda verlo nadie más, sólo el sistema?

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Puedes cifrar los datos.

Puedes cifrar los datos. Existen diversidad de algoritmos de cifrado (que se pueden implementar en Java) es cuestión de que los revises y elijas el que consideres adecuado

Imagen de ezamudio

implementar?

Java ya incluye implementaciones de varios de los algoritmos más comunes de cifrado (simétrico Y asimétrico).

Imagen de Nopalin

Puedes guardarlos en una base

Puedes guardarlos en una base de datos embebida que soporte cifrado, como h2 database.

Sobres

Imagen de JRichard

Serializacion o SQLITE

Lo mas fácil y rapido que puedes hacer es serializar un objecto de una clase que tenga los valores que deseas.
Asi ningun usuario final podra interpretar algo si abre el archivo serializado. Pero si un javero lo encuentra podria hacerle la inversa :b !!

Otra opcion podria ser usar sqlite. Te creas un tablita y listo!!! Si eliges esta opcion avisame y te paso unas clasecillas que te haran la vida mas facil con sqlite.