problemas para crear el algoritmo de Dijkstra

buen dia miren me encuentro con un problema en mi programa para implementar el algoritmo de Dijkstra (sin pesos), mas claro los arcos tendran valor de "1", les dejo mi código por que la verdad no se en que este mal.

package dijkstra;
import java.io.*;

/**
*
* @author Hellgate
*/
public class Dijkstra {
String [] Alctura1 = new String[6];
String lectura1="";
int iarreglo=0;
int contador=0;
int raiz;
int res=0;
int[][] mat1;
int[][] matpro;
int [] arreglo;
File archivo = new File("C:\\Users\\Hellgate\\Documents\\NetBeansProjects\\Dijkstra\\src\\dijkstra\\datos.txt");
FileReader lee=null;
BufferedReader buf =null;

public void leer() throws IOException{
int l=0;
try{
lee = new FileReader(archivo);
buf= new BufferedReader(lee);
//System.out.println(buf.readLine());
for(int i=0;i<6;i++){
lectura1=buf.readLine();
Alctura1[i]=lectura1;

}
}
catch(Exception e){
System.out.println(e.getMessage());
}
matriz();
leer2();
}
public void leer2() throws IOException{
buf.readLine();
String aux ="";
String aux2="";
String aux3="";
int iv=0;
int jv=0;
//perro.charAt(0);
for (int i=0;i<=Integer.parseInt(Alctura1[1]);i++){
aux=buf.readLine();
aux2=""+aux.charAt(0);
aux3=""+aux.charAt(4);
mat1[iv=Integer.parseInt(aux2)][jv=Integer.parseInt(aux3)]=1;
}
System.out.println("la nueva matrix");
for(int i=0;i