Dar instrucciones de aplicacion a otra ya creada

Buen día,
Actualmente estoy desarrollando una aplicación para escritorio la cual cuenta con:
Un JButton (Reproducir)
Un JComboBox (El ComboBox estará cargado de todos los archivos que estén dentro de una carpeta).

La siguiente parte es la que no logro hacer.
Lo que intento hacer con esto es seleccionar un archivo que se encuentre en el ComboBox, una ves seleccionado dar clic en Reproducir y que me abra una aplicación externa a la que yo estoy desarrollando (La aplicación es MadMapper, se utiliza para realizar mapping projection) y cargue el archivo del ComboBox dentro del MadMapper.

Entiendo la parte de la aplicación en donde tengo que cargar los archivos al ComboBox y lo del botón reproducir. Pero realmente no sé cómo darle instrucciones al MadMapper para que haga lo que les explico

Si me preguntan por que intento realizar esto, es porque quiero que MadMapper se ejecute en tercer plano sin necesidad de interactuar con él.

Saludos y espero que mi duda sea lo suficientemente clara.

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Investigar soporte de parametros

Creo que puedes partir por investigar si la aplicación externa soporta parametros, si es así puedes ejecutar un archivo donde esten los comandos batch para iniciar la aplicación externa.