Ejecutar comandos de sistema en java

Bueno quisiera preguntar a que se debe, que no se ejecutan algunos comandos de sistema en java por ejemplo el comando ifconfig no se puede ejecutar, tampoco cuando la ejecuto dentro de una shell script y otros comandos como el mysqldum no se ejecutan ni muestran una salida.
Cuando la ejecuto desde la terminal si me funcionan correctamente pero yo quiero trabajarlos desde mi aplicacion java haber si alguien me puede echar una mano de antemano gracias.

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Porque algunos son funciones

Porque algunos son funciones built-in en el programa cmd.exe, es decir no son comandos propiamente. No existen para ejecutarse. Esa puede ser una razón, la otra es que necesite que ejecutes el programa como administrador.