Aplicación web JavaFx en Glassfish

Buenos días compañeros, soy nuevo en el foro y no se si este preguntando en el lugar correcto pero pues también soy algo nuevo en esto de la programación y Java pero quiero aprender mas, el caso es que tengo muchas dudas una de ellas es la siguiente:

Yo y unos compañeros estamos probando una aplicación Web en JavaFx, haciendo una conexión a una base de datos en donde se guardaran algunos datos, ya hemos hecho funcionar esta simple aplicación utilizando una BD en MySQL mediante XAMPP y funciona bien, inserta y consulta sin problema, pero ahora necesitamos hacer esto mismo pero con Glassfish v3 ya no con MySQL, pero aquí viene el problema, en Glassfish las aplicaciones se montan en la ruta domains/nombredeldominio/autodeploy del servidor, entonces aqui hace el deploy de las aplicaciones para que puedan correr desde el navegador mediante la direccion localhost:8080/nombredelaAplicacion, entonces esto lo probamos con otra aplicación pero esta fue Java Web Application y funciono el deploy y se podia acceder desde el navegador con el localhost, pero al intentarlo con nuestra aplicación web en JavaFx, no funciona, cuando ponemos la aplicacion [carpeta del proyecto] en la carpeta autodeploy, tira un error al generar el deploy, leí que esto se hacia mediante un archivo .war y este ponerlo en la carpeta autodeploy pero también ya intente generando este .war de la carpeta completa de mi aplicación de esta forma usando cmd: rutaDelaAplicacion> jar cvf nombreAplicacion.war * pero tampoco funciona, al acceder mediante la ruta localhost:8080 descarga un archivo pero hasta ahí, no pasa nada mas...

¿que puedo hacer, que hago mal?

de antemano gracias...