Ficheros y registros

Hola amigos! he realizado un tarea ,en java,el cual utiliza registros de un fichero ,evidentemente es mas eficaz una base de datos pero el
profesor ha decido que quiere que la realizemos de esta forma.

Bien, el problema esta en que la primera vez que ejecuto me va bien pero cuando vuelvo a utilizar la aplicacion,el archivo se ha modificado
de tal forma que me hace varias copias de del primer registro ,Haber si teneis algun ejemplo de insertar,eliminar,modificar registros de un determinado objeto .

Ahora voy a pasar el codigo que tengo ,un saludo amigo! espero que me podais ayudar.